حکومت نگران تأمین امنیت مراسم تشییع جنازه خامنهای است. کمبود نیرو، نارضایتی نیروها، ترس از انتقام مردم پس از سرکوب خونین دیماه و احتمال اقدام نظامی آمریکا و اسرائیل حتی به صورت نقطهای آنها مسائلی است که تأمین کنندگان امنیت این مراسم با آن روبهرو هستند. برای جبران کمبود نیرو حتی سراغ پرسنلی رفتهاند که از نظر اعصاب و روان و جسمی مشکل دارند. افغانهای عضو فاطمیون و شماری یاده نظام عرب را هم به خطر کردند تا از این مراسم حفاظت شود.
علی عبداللهی فرمانده قرارگاه مرکزی خاتمالانبیا، در پیامی به مناسبت مراسم تشییع جنازه علی خامنهای، به آمریکا، اسرائیل و کشورهای منطقه درباره هرگونه اقدام نظامی طی روزهای این مراسم هشدار داد. او نوشت: «به دشمنان، بهویژه آمریکا، اسرائیل و همدستان منطقهای و فرامنطقهای آنان، هشدار میدهیم از هرگونه خطای محاسباتی پرهیز کنند و به واکنشهای سخت و پشیمانکننده نیروهای مسلح به هر تهدید و تجاوزی بیندیشند.»
فتحالله جمیری، فرمانده سـ.ـپاه پاسداران در استان قم، گفت برنامه تشییع از مسیر مسجد جمکران تا محل دفن خواهر امام هشتم شیعیان خواهد بود اما این نهاد به صورت قطع نمیداند چه اتفاقی رخ خواهد داد.
جمیری در پاسخ به سوالی درباره جزئیات این مراسم گفت: «کل مسیر تشییع داریم، اما به دلیل شرایط جمعیت، استقبال و تردد خودروها نمیتوان بهصورت قطعی گفت چه اتفاقی خواهد افتاد.»