مجتبی خامنهای که به عنوان سومین رهبر جمهوری اسلامی نامیده شده، در آخرین مراسم تشییع جنازهٔ پدرش نیز دیده نشد.
بر پایهٔ تصاویر منتشرشده، آخرین نماز میت بر نعش خامنهای توسط مصطفی، پسر ارشد او خوانده شده است.
با وجود ادعای حکومت بر زنده بودن و سلامتی مجتبی خامنهای، او در هیچیک از برنامههای تشییع جنازهٔ پدرش دیده نشد.
قالیباف و محسنی اژهای، روسای دو قوهٔ قانونگذاری و قضائیه، شامگاه پنجشنبه در آخرین مرحلهٔ تشییع جنازهٔ علی خامنهای در مشهد حضور یافتند.