در جریان جنگ ۴۰ روزه، نیروی دریایی ارتش متحمل خسارات و تلفات سنگینی شد که بخش قابل توجهی از آن تاکنون سانسور یا رسانهای نشده است.
درباره تلفات ناوشکن «دنا» که در آبهای اقیانوس هند هدف قرار گرفت، اطلاعات بیشتری در دسترس است. بر اساس این اطلاعات، ۱۰۴ نفر از پرسنل این شناور جان خود را از دست دادند که از این میان، پیکر ۲۰ نفر هنوز پیدا نشده و در شمار مفقودین قرار دارند.
فرماندهان درباره تلفات ناوشکن «جماران» سکوت اختیار کردهاند. این ناو در نهم اسفند ۱۴۰۴ هنگام استقرار در اسکله پایگاه کنارک هدف قرار گرفت.
منابع آگاه میگویند: «در نخستین اصابت، خدمه ناو در داخل شناور گرفتار شدند و ۵۳ نفر از پرسنل، از جمله امیربهادر مایوان، فرمانده ناوشکن، کشته شدند.» به گفته این منابع، ناو جماران در آن زمان آماده جدایی از اسکله و عزیمت به دریا بود.
پس از آن، ناو «نقدی» نیز هدف قرار گرفت. اما به دلیل اصابت اولیه به جماران و فاصله زمانی کوتاه میان حملات به دو ناو، خدمه فرصت انتقال شناورها به دریا را پیدا نکردند. در نتیجه، با ادامه حملات، پایگاه به تدریج تخلیه شد و نیروها برای در امان ماندن به مناطق بیابانی اطراف پناه بردند.